Núi Thúy Vân nằm ở ven cửa biển Tư Hiền, xưa còn có tên gọi là Tư Dung. Đây là một trong hai ngọn núi cuối cùng của dãi cát ven biển chạy từ Bắc vào Nam. Núi Thúy Vân không cao lắm, chỉ cách mặt nước biển và mặt phá Tam Giang chừng hơn 40 m.Theo “Đại Nam nhất thống chí” thì vào năm 1648, chúa Nguyễn Phúc Tần tuần du qua phá Tam Giang và phát hiện ra một thảo am nhỏ. Ông đã cho dựng một ngôi chùa nhỏ trên nền thảo am xưa để làm nơi cầu phúc cho muôn dân. Trải qua bao năm binh hỏa, chùa bị bỏ hoang đến năm Minh Mạng thứ 6 tức là năm 1825 vua qua đây và cho xây dựng lại chùa. Nhưng phải đến năm 1836, vua mới cho xây dựng chùa một cách hoàn chỉnh gồm 1 chùa, 1 gác, 1 tháp. Chùa gọi là Thánh Duyên, gác gọi là Đại Từ, tháp gọi là Điều Ngự. Nhà vua cũng ban 2 câu đối về tên của chùa như sau: “Thánh tức thị Phật, Phật tức thị thánh, hữu thị Thánh, phương khai Phật pháp chi sùng thâm- Duyên bổn thị nhân, nhân bổn thị duyên, hữu thị duyên, nãi khuyếch thiện nhân chi quảng bị”; dịch nghĩa là: “Thánh tức là phật, Phật tức là thánh, bởi có thánh hiền mới khai tỏ Phật pháp thâm sâu- Duyên gốc tại nhân, nhân gốc tạ duyên, hễ có nhân đức mới mở rộng thiện duyên khắp nẻo”.
Ngoài hệ thống kiến trúc mang đậm dấu ấn của phong cách kiến trúc triều Nguyễn, chùa Thánh Duyên còn có 113 cây cổ thụ có tuổi thọ từ 200 - 300 năm như thông, xoài, mù u, mít nài, mít, dầu lai, lim... Thầy trụ trì Thích Minh Chính cho rằng, những cây thông cổ thụ hiên ngang giữa trời như lời thơ của thi hào Nguyễn Công Trứ: “Kiếp sau xin chớ làm người - Làm cây thông đứng giữa trời mà reo” cũng chính là biểu tượng của ngôi quốc tự này.
Đường lên chùa chạy giữa những cây thông cổ thụ, rộng khoảng 5m, dài khoảng 50m, có tất cả 38 bậc tam cấp.Cả 3 kiến trúc là chùa, gác và tháp trải qua mấy trăm năm vẫn còn tồn tại và đã được trùng tu. Riêng tháp Điều Ngự, tọa lạc trên đỉnh núi mà từ đây có thể phóng tầm mắt nhìn toàn cảnh phá Tam Giang, cửa biển Tư Hiền và xa xa là Bạch Mã sơn. Mặc dù đã được công nhận là di tích lịch sử văn hóa cấp quốc gia hơn 10 năm nay, nhưng việc hệ thống cây cối, kiến trúc của chùa đang bị xuống cấp hay tình trạng lấn chiếm vành đai quanh chùa của một số người dân vẫn diễn ra là điều đáng quan ngại.
Quốc tự Thánh Duyên trên Thúy Vân sơn là một dấu ấn đậm nét của quá trính mở mang bờ cõi của ông cha xưa. Ngôi chùa này từng là nơi nhiều vị vua triều Nguyễn thành tâm đảnh lễ cầu cho quốc thái dân an. Một di sản về lịch sử văn hóa của dân tộc nằm khuất nẻo và ít người biết đến đang cần được bảo tồn...