Năm 1963, hưởng ứng phong trào cách mạng giành độc lập dân tộc, thống nhất đất nước, cũng như bảo vệ Đạo pháp trước sự đàn áp Phật giáo của chính quyền Ngô Đình Diệm, Giáo hội Tăng-già Nam Việt khởi xướng hình thành niệm Phật đường Khánh Anh tại địa chỉ 131/12 đường Trần Quốc Toản, tỉnh Chợ Lớn (nay là đường Ba Tháng Hai, phường Vườn Lài, TP.HCM).

Cũng trong năm 1963, Trưởng lão Hòa thượng Thích Thiện Tánh được Giáo hội cử về niệm Phật đường Khánh Anh để hướng dẫn Phật tử tu học, lãnh đạo phong trào quần chúng xuống đường đòi chấm dứt chiến tranh, lập lại hòa bình cho Việt Nam.

Ngày 29-12-1990, Ban Trị sự Thành hội Phật giáo TP.HCM ra Quyết định số 344/QĐ/THPG về việc hợp thức hóa trụ trì chùa Khánh Anh đối với Trưởng lão Hòa thượng Thích Thiện Tánh. Từ đó, Trưởng lão Hòa thượng tiếp tục trụ trì chùa Khánh Anh cho đến khi viên tịch vào lúc 9 giờ 55 phút, ngày 25-10-2025 (5-9-Ất Tỵ) tại chùa Phổ Quang (phường Tân Sơn Hòa, TP.HCM); trụ thế 84 năm, 64 hạ lạp.

Sau khi Trưởng lão Hòa thượng Thích Thiện Tánh viên tịch, chùa Khánh Anh vẫn duy trì thời khóa bình thường. Hàng ngày, Phật tử đều về tụng kinh, tu tập dưới sự hướng dẫn của Thượng tọa Thích Minh Nhựt và một số chư Tăng đã từng tu học tại đây lúc ngài còn sinh tiền.