Sau khi thụ huấn với Thiền sư U Ba Khin được 14 năm, ông Goenka trở về sống tại Ấn độ và bắt đầu giảng dạy Thiền Vipassana vào năm 1969. Trong một quốc gia còn nhiều chia rẽ bởi những giai cấp và tôn giáo như Ấn Độ, những khoá thiền do cư sĩ thiền sư Goenka hướng dẫn đã thu hút hàng ngàn người thuộc mọi tầng lớp trong xã hội đến tham gia. Thêm vào đó, nhiều người từ những quốc gia trên khắp thế giới cũng đã tới tham dự những khoá thiền Vipassana.
Thiền sư Goenka đã giảng dạy cho hàng chục ngàn người trong hàng trăm khóa thiền tại Ấn Độ và ở những nước khác, cả Đông phương lẫn Tây phương. Năm 1982, Ông bắt đầu bổ nhiệm những Thiền sư phụ tá để giúp thỏa mãn nhu cầu học thiền càng ngày càng gia tăng. Nhiều trung tâm thiền Vipassana dưới sự hướng dẫn của Thiền sư Goenka đã lần lượt thành lập tại Ấn Độ và các nước khác ở châu Á, như là: Tích Lan, Thái Lan, Miến Điện, Nepal, Nhật Bản, Đài Loan, Hồng Kong, Singapore, Philippines, Malaysia, Indonesia, Hàn Quốc, Mông Cổ... Và hiện nay thì Thiền sư Goenka đã thành lập khá nhiều trung tâm thiền Vipassana ở khắp nơi trên thế giới: Tại Bắc Mỹ, châu Mỹ La Tinh, châu Âu, châu Úc và Tân Tây Lan, tại Trung Đông và thậm chí là tại châu Phi cũng có nhiều trung tâm.
Phương pháp mà Thiền sư S.N. Goenka giảng dạy tiêu biểu cho một phương pháp hành thiền có từ thời Đức Phật, thiền Vipassana. Đức Phật không hề giảng dạy riêng cho một giáo phái nào. Cùng một truyền thống đó, đường lối của Thiền sư Goenka cũng hoàn toàn không phân biệt tông phái. Vì lý do này, sự giảng dạy của ông có sức thu hút mạnh mẽ đối với mọi người thuộc mọi giai cấp, mọi tôn giáo hoặc không theo tôn giáo nào, từ khắp nơi trên thế giới.
Theo Thiền sư Goenka thì thiền Vipassana có thể xem như là một nghệ thuật sống, là một liệu pháp để chữa trị các loại tâm bệnh. Thường thì phương pháp thiền Vipassana được giảng dạy tại các khóa thiền nội trú mười ngày, trong đó người tham gia được học những phương pháp hành thiền Vipassana căn bản và thực hành đầy đủ để đạt được những thành quả hữu ích. Bên cạnh đó, các trung tâm còn mở các khóa tu ngắn ngày cho những ai đã từng tham dự các khoa tu trước đó, hoặc những khóa tu chuyên sâu kéo dài đến 20 ngày, và có những khóa tu chỉ dành riêng cho thanh thiếu niên.
Thường thì những khóa thiền tại các trung tâm thiền Vipassana đều có các thiền sinh ngoại quốc, đến từ những quốc gia khác nhau, cho nên ngôn ngữ giảng dạy chính trong các khóa thiền là tiếng Anh. Đôi khi, tại một số trung tâm có dịch ra các thứ tiếng khác nhau để hỗ trợ cho các thiền sinh không có nhiều vốn liếng tiếng Anh.
Không chỉ giảng dạy thiền Vipassana tại các trung tâm, thiền sư Goenka còn đến dạy thiền Vipassana cho các phạm nhân trong các nhà tù. Khởi đầu là các nhà tù tại Ấn Độ, sau đó nhân rộng tại nhiều quốc gia khác. Tại những khóa tu thiền đặc biệt này, mặc dù nhận sự hỗ trợ tận tình của Ban lãnh đạo, Ban quản lý nhà tù, nhưng một hai ngày đầu của những khóa thiền đầu tiên quả thật là một thách thức lớn cho cả thiền sinh lẫn thiền sư. Thiền sinh trong các nhà tù thường chưa bao giờ biết ngồi tĩnh tâm, chưa bao giờ chịu ngồi yên, thế mà bây giờ phải ngồi yên lặng hầu như suốt cả ngày trong khóa thiền như thế thì quả là không dễ. Tuy nhiên, với tài năng và kinh nghiệm của mình, Thiền sư Goenka và các thiền sư phụ tá thực sự đã thuần hóa được các thiền sinh đặc biệt ấy. Và những khóa thiền như thế thật sự đã đem lại hiệu quả vượt ngoài sự mong đợi của Ban tổ chức. Nhiều thiền sinh (tù nhân) thực sự đã chuyển hóa rất nhiều sau khi tham gia khóa thiền. Trong buổi chia tay với các thiền sư tại các khóa thiền đặc biệt này, nhiều thiền sinh là tù nhân ấy đã xúc động mạnh mẽ, cúi xuống hôn chân thiền sư (một cử chỉ biểu hiện sự cảm kích, tôn kính và biết ơn người khác của người Ấn Độ), hoặc có người thì ôm lấy thiền sư trong nước mắt cảm động. Hầu hết các thiền sinh đặc biệt ấy, sau lần đầu tiên được tham gia khóa thiền Vipassana đều có chung một mong ước, đó là muốn được tham gia nhiều khóa thiền hơn nữa.
Khi đến tham dự khóa thiền tại các trung tâm thiền Vipassana ở bất kỳ nơi nào trên thế giới, các thiền sinh đều không phải đóng lệ phí. Tại đấy, thức ăn và các tiện nghi sinh hoạt đều được trung tâm cung cấp miễn phí. Chi phí để trang trải cho các hoạt động và sự phát triển của trung tâm chủ yếu là dựa vào sự phát tâm ủng hộ của thiền sinh sau khi đã tham dự khóa tu và cảm nhận được lợi ích thực sự của pháp tu thiền Vipassana.
Hiện tại, dòng thiền Vipassana do thiền sư Goenka hướng dẫn có một trang web chính thức với địa chỉ là http://www.dhamma.org/. Trang web này đăng tải thông tin về các hoạt động và sự phát triển của các trung tâm, có cả thời khóa của những khóa tu tại các trung tâm. Những ai muốn tham dự khóa thiền Vipassana thì có thể vào đó để chọn trung tâm nào phù hợp nhất với mình, xem thời khóa biểu và đăng ký thông qua chức năng đăng ký tham gia khóa tu ở trên trang web hoặc qua email.