Theo quy định của Chính phủ, từ ngày 1-3, cơ cấu tổ chức của Bộ bao gồm 9 đơn vị giúp Bộ trưởng quản lý Nhà nước. Đó là: Vụ Kế hoạch - Tài chính; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Pháp chế; Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Tuyên truyền công tác dân tộc và tôn giáo; Vụ Chính sách; Thanh tra; Văn phòng; và Ban Tôn giáo Chính phủ.

Bốn đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ gồm: Trung tâm Chuyển đổi số; Học viện Dân tộc; Báo Dân tộc và Phát triển; Tạp chí Nghiên cứu Dân tộc và Tôn giáo.

Ban Tôn giáo Chính phủ là đơn vị cấp cục, được tổ chức thành 7 phòng. Vụ Tuyên truyền công tác dân tộc và tôn giáo có hai bộ phận đóng trụ sở tại Đắk Lắk và TP.Cần Thơ.

Bộ Dân tộc và Tôn giáo là cơ quan của Chính phủ, chịu trách nhiệm quản lý Nhà nước về công tác dân tộc, tín ngưỡng và tôn giáo. Bộ có nhiệm vụ trình ban hành các chính sách đặc thù, chương trình, dự án phát triển kinh tế xã hội tại các vùng dân tộc thiểu số và miền núi, cũng như các chính sách đầu tư, hỗ trợ đồng bào dân tộc thiểu số và các dự án bảo tồn, phát triển các nhóm dân tộc thiểu số rất ít người.

Bộ cũng trình Thủ tướng ban hành các chính sách đối với người có uy tín trong cộng đồng dân tộc thiểu số, đồng thời thúc đẩy phát triển nguồn nhân lực và thu hút cán bộ công chức, viên chức đến công tác tại vùng dân tộc thiểu số và miền núi.

Bộ Dân tộc và Tôn giáo cũng đóng vai trò quan trọng trong triển khai các chiến lược, kế hoạch, chương trình về tín ngưỡng và tôn giáo, là đầu mối liên hệ với các tổ chức tôn giáo trong và ngoài nước, thực hiện công tác đối ngoại tôn giáo và tăng cường khối đại đoàn kết trong cộng đồng các tôn giáo ở Việt Nam.