Đại sư đến vùng đất mới, khi dân cư còn thưa thớt, cây cối râm rạp, Ngài xin làng khai phá khu đất gò hoang, cất một am tranh nhỏ bằng tranh tre, vách đất tiếp tục tu hành. Khai sơn chùa vào năm Kỷ Mùi (1919).
Chùa được lập lên để thờ Ngài Quan Thánh Đế Quân, đến năm 1930 phối thờ Mẫu Thiên Y A Na và chư vị Thánh Tổ vì vậy nhân dân trong vùng thường gọi là chùa Ông. 17 năm sau, Ngài Hoằng Tín viên tịch. Trụ thế 82 năm.
Chùa Đào Viên được truyền thừa cho Trụ trì đời thứ hai là Thượng tọa Thích Trí Thanh, thế danh Lê Ngọc Khánh. Kể từ đó, chùa Đào Viên được được trùng tu nhiều lần:
- Năm 1964, chùa Đào Viên được trùng tu, lợp ngói móc (sản phẩm của dân làng Lư Cấm).
- Năm 1974, chùa được trùng tu lần thứ hai, xây cất ngôi tam bảo trang nghiêm như hiện nay, do một số bà con, phật tử trong làng đóng góp xây dựng chùa.
Điều đáng ghi nhớ khi nói đến chùa Đào Viên là nơi đây đã gắn liền với mãnh đât anh hùng, kiên cường, bất khuất, của người dân Lư Cấm.
Trong Cách mạng tháng Tám 1945, chùa Đào Viên tuy là địa điểm tu hành nhưng Thầy Trụ trì Thích Trí Thanh đã giác ngộ cách mạng, che dấu và giúp đỡ cán bộ Việt Minh hoạt động.
- Giai đoạn 1945-1954: Chùa là cơ sở tiếp tế lương thực, đồng thời che dấu cán bộ Việt Minh, cung cấp thuốc men cho các chiến sĩ, trước khi bộ đội rút về mật khu.
Thời kỳ chống Mỹ, trong cuộc tổng tiến công Tết Mậu Thân (1968), Nha Trang là địa bàn được chọn làm bàn đạp tấn công ra ngoại thành. Cuộc tổng tiến công diễn ra đúng 30 Têt, có 4 bộ đôi của ta bị bể mặt trận ở Vĩnh Thái rút lên Ngọc Hội vào chùa, được Thầy Trụ trì che dấu…Chùa còn là điểm sinh hoạt của bà con nhân dân và các đồng chí hoạt động cach mạng giai đoạn đó.
Như vậy, trong cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp xâm lược chùa Đào Viên nằm trong phòng tuyến Chợ Mới - Broten - Hầm xe lưa số 1, là địa điểm tiếp tế lương thực, thực phẩm ngầm cho các đơn vị bộ đội chi viện Mặt trận Nha Trang 23/10/1945, là nơi lực lược cách mạng hoạt động bí mật cả trong hai cuộc kháng chiến chống thục dân Pháp và đế quốc Mỹ.
- Giai đoạn chống Mỹ (Mậu Thân 1968) chùa là nơi che dấu, nuôi dưỡng bộ đội và các chiến sĩ hoạt động cách mạng trong hai ngày ba đêm, giải nguy cho các chiến sĩ cách mạng thoát khỏi sự lùng sục bắt bớ của quân địch.
Căn cứ quyết định số: 2866/QĐ-UBND ngày 11/11/2009 của Chủ tịch UBND tỉnh Khánh Hoà về việc xếp hạng Di tích Lịch sử Văn hoá cấp tỉnh chùa Đào Viên, ngày 31.01.2010, UBND Phường Ngọc Hiệp đã tổ chức lễ đón Bằng Di tích lịch sử văn hoá cấp tỉnh tại chùa Đào Viên, thành phố Nha Trang.