Tu viện được Khon Khonchog Gyalpo xây dựng vào năm 1073
Tên của tu viện được kết hợp từ hai chữ: “sa” có nghĩa là đất, và “kya” có nghĩa là màu xám, bởi vì tu viện nằm trên một ngọn đồi đất màu xám. Từ khi thành lập cho đến năm 1959, tu viện này là trụ sở chính của phái Sakya, và là nơi cư trú của những vị lãnh đạo tối cao của phái này. Năm 1268, Chogyal Phagpa, vị thứ năm trong năm người thành lập phái Sakya, đã mở rộng tu viện, và trải qua nhiều thế kỷ nó phát triển thành một quần thể với hàng trăm điện thờ, bảo tháp, Tăng xá…
Tên của tu viện được kết hợp từ hai chữ: “sa” có nghĩa là đất, và “kya”
có nghĩa là màu xám, bởi vì tu viện nằm trên một ngọn đồi đất màu xám
Trong quá khứ, danh tiếng của tu viện Sakya và những bậc thầy ở đây đã thực sự vang xa; ngay cả những vị vua như Kublai Khan và Godan Khan - những vị vua người Mông Cổ cai trị Trung Quốc - cũng biết đến họ. Godan Khan đã từng mời Sakya Pandita, vị thứ tư trong năm vị sáng lập giáo phái, và Chogyal Phagpa đến hoàng cung của họ. Qua những giáo huấn của hai vị đại sư này, Phật giáo Kim cương thừa được truyền đến Trung Quốc.
Chogyal Phagpa trong dịp này đã ban Hỷ kim cương (Hevajra) cho Godan Khan; và tỏ lòng cảm kích, Godan Khan đã ban cho Chogyal Phagpa 13 quận của Tây Tạng cùng với danh hiệu “Pháp vương”. Như vậy Chogyal Phagpa là vị lãnh đạo đầu tiên của Tây Tạng với vai trò vừa là người đứng đầu giáo hội và cũng là vị đứng đầu nhà nước. Trong suốt thời kỳ này, tu viện Sakya là trụ sở chính trị của Tây Tạng, và trong nhiều năm liền những người đứng đầu Sakya vừa là những vị lãnh đạo tôn giáo và cũng là người lãnh đạo thế tục.
Từ thế kỷ XIV, tu viện Sakya trở thành một trung tâm học thuật quy mô, và đây được xem là nơi tiếp nhận mười môn khoa học được truyền vào từ Ấn Độ.
Trải qua nhiều thế kỷ tu viện phát triển thành một quần thể với hàng trăm điện thờ, bảo tháp, Tăng xá…
Lakhang Chenmo là hội trường chính của tu viện. Hội trường này rộng khoảng 5.800m2. Hội trường có thể chứa đến 10.000 người cùng một lúc. Du khách khi viếng tu viện Sakya thường đến hội trường này để nghe những vị Lama trì tụng kinh chú.
Tu viện hiện lưu giữ hàng ngàn bức tượng, tranh vẽ, bích họa, thangka, mandala và những pháp khí khác nhau, cũng như lưu giữ vô số kinh sách bằng tiếng Tây Tạng, Trung Quốc, Mông Cổ và Sanskrit. Nhiều bức thangka ở tu viện có niên đại từ đời nhà Nguyên (1271-1368). Tu viện hiện lưu giữ hơn 3.000 bức thangka. Những bức thangka này miêu tả những vị thần Phật giáo Tây Tạng, hoặc miêu tả những cảnh lịch sử hay thiên nhiên. Thangka được sử dụng trong Phật giáo Tây Tạng như những phương tiện để truyền bá Phật pháp.
Chủ đề chính của các bức thangka là cuộc đời Đức Phật, các vị thần Phật giáo Tây Tạng, những vị Bồ-tát, những vị Lama… Bức thangka miêu tả về cuộc gặp của Kublai Khan với Phapka là bức nổi tiếng nhất tại tu viện. Có hơn 40.000 quyển kinh sách được lưu giữ ở đây. Trong đó có tác phẩm vô giá Burde Gyaimalung, một ghi chép về tôn giáo, lịch sử, nông nghiệp và văn học của Tây Tạng. Một số trong những cuốn sách này được nạm chữ vàng.
Vào năm 2003, các vị Lama đã phát hiện một tạng thư chứa đến 84.000 cuốn ở tu viện Sakya, được lưu giữ cẩn thận ở trong một bức tường dài 60 mét và cao 10 mét. Hầu hết những cuốn sách này thuộc kinh sách Phật giáo, bên cạnh đó là những tác phẩm về lịch sử, văn học, toán học, triết học, thiên văn, y học và nghệ thuật. Hầu hết những tác phẩm này có niên đại vào thời Nguyên và Minh, được viết tay cẩn thận bằng bột vàng, bạc và mực đỏ, và được buộc lại thành từng cuộn. Viện Khoa học Xã hội Tây Tạng hiện đang nghiên cứu và thẩm định những tác phẩm này. Vì là nơi lưu giữ và bảo tồn một kho tàng đồ sộ các kinh sách, tu viện Sakya thường được ví như là Đôn Hoàng thứ hai.
Tu viện Sakya được xem là nơi lưu giữ tạng kinh Phật được viết trên là bối (pattra) lớn nhất. Những bản kinh này được viết bằng chữ Tây Tạng, Mông Cổ và Sanskrit. Những học giả xưa đã sử dụng bút sắt để viết kinh lên trên những lá bối có độ rộng trung bình 5cm. Vì thời tiết ở Sakya lạnh và khô ráo, nên đã giúp bảo quản những bản kinh viết trên lá này đến tận ngày nay.
Ngoài là một tu viện, Sakya còn là một trung tâm học thuật. Khóa học tại tu viện Sakya bắt đầu với việc học thuộc lòng các bản kinh. Nếu những vị Tăng qua được kỳ kiểm tra học thuộc lòng, họ sẽ nhận được bằng Kachupa và được phép học tiếp để trở thành một Geshe. Việc học này gồm 6 chủ đề, bao gồm 18 bộ kinh lớn, và được thực hiện thông qua phương thức tranh luận. Dựa trên sự tinh thông những chủ đề này, những vị Tăng được trao bằng Geshe Rabjampa. Họ sau đó có thể vào trường Dechenling Tantra để học tiếp các Hevajra Tantra. Và bằng cấp được cấp là Lama Bentsangpa.
Ngoài là một tu viện, Sakya còn là một trung tâm học thuật
Khóa học tại tu viện Sakya bắt đầu với việc học thuộc lòng các bản kinh
Dưới thời Cách mạng Văn hóa, tu viện Sakya bị tàn phá nặng nề. Sau đó tu viện đã được phục hồi và sửa chữa, và những sinh hoạt tôn giáo được phục hoạt trở lại.
Năm 1959, khi Trung Quốc xâm chiếm Tây Tạng, vị đứng đầu của phái Sakya đã lưu vong đến Ấn Độ và đã thành lập một tu viện Sakya mới tại bang Himachal Pradesh. Và ở đây, Sakya Trizin - vị lãnh đạo tối cao của truyền phái Sakya, cùng với các vị Lama khác cũng như đệ tử của mình đã tiếp tục phát triển truyền phái của họ. Họ đã mở nhiều học viện, trường học, bệnh viện, tu viện… để truyền bá Phật pháp khắp nơi.