Lịch sử chùa Bửu Quang gắn liền với tâm nguyện hoằng pháp của hai cư sĩ tiền bối: đốc công Nguyễn Văn Hiểu và bác sĩ Lê Văn Giảng (sau này là Đại lão Hòa thượng Hộ Tông Vansarakkhita)

Năm 1938, ông Nguyễn Văn Hiểu và những người bạn gặp bà Cả, thân mẫu ông Bùi Ngươn Hứa xin mướn khu đất rừng rậm rạp tại Gò Dưa, làng Tam Bình, quận Thủ Đức để xây dựng chùa. Nhưng với tâm đạo bà đã hiến cúng với danh nghĩa bán 1 đồng tiền. Ngay sau đó, ông Hiểu cho xây cất một ngôi chùa lá và tám tịnh thất theo kiểu nhà sàn của người Campuchia để chư Tăng tu học

Ngày rằm tháng 10 năm 1938, cử hành lễ an vị Phật có làng, tổng, quận và Ban Tịnh độ Thủ Đức tham dự. Đây là mốc lịch sử đánh dấu ngày thành lập ngôi chùa đầu tiên của hệ phái Phật giáo Nguyên thủy Theravāda tại Việt Nam do chính người Kinh sáng lập

Đến năm 1940, với sự hiến cúng tài sản cá nhân của cư sĩ Nguyễn Văn Hiểu, ngôi tự viện đã được tái thiết kiên cố bằng gạch ngói. Buổi lễ kiết giới Sima năm đó có sự chứng minh đặc biệt của Đệ nhị Tăng thống Vương quốc Campuchia - Hòa thượng Samdech Choun Nath và 30 vị tỳ-kheo Khmer tham dự

Sau lễ kiết giới Sima, chùa cũng đã tổ chức lễ trồng cây Bồ Đề do Quốc vương Campuchia hiến cúng năm 1940

Trải qua những năm tháng kháng chiến chống thực dân Pháp (1945-1947), chùa Bửu Quang từng bị chiếm đóng và hư hại nặng nề. Tuy nhiên, với tinh thần hộ quốc an dân, chư Tăng và Phật tử đã kiên trì gìn giữ đạo mạch. Năm 1953, lễ cung nghinh xá-lợi và khánh thành chánh điện được tổ chức, khôi phục lại vẻ uy nghiêm của chốn thiền môn

Qua các thời kỳ, các bậc cao Tăng đức độ như Tỳ-kheo Thiện Luật, Hòa thượng Hộ Tông, Tỳ-kheo Hộ Luật, Tỳ-kheo Pháp Tình,... đã kế thừa trụ trì, vun bồi cội đạo, đưa Bửu Quang trở thành trung tâm tu học quan trọng của Phật giáo Nam tông Kinh

Bước sang thế kỷ XXI, dưới sự điều hành của Ban Quản trị do Hòa thượng Thích Thiện Tâm làm Trưởng ban, tổ đình Bửu Quang đã có những bước chuyển mình mạnh mẽ

Nhiều công trình tầm cỡ đã được khánh thành như: giảng đường Abhidhamma, thư viện với hơn 9.000 đầu sách, bảo tháp tâm linh...

Đặc biệt, chùa còn là cơ sở của Tạp chí Phật giáo Nguyên thủy

Từ năm 2017-2019, chùa trùng tu quảng trường Phật lớn, bảo tháp Phật nhập Niết-bàn, Bồ-đề Phật cảnh theo kiến trúc Thái Lan