Khi tấn công vây thành Đông Quan (Thăng Long), bộ chỉ huy nghĩa quân Lam Sơn đóng đại bản doanh tại chùa Bồ Đề (bờ Bắc sông Hồng, nay thuộc phường Bồ Đề, quận Long Biên, Hà Nội). Trong sách Đại Việt sử ký toàn thư của sử gia Ngô Sĩ Liên có ghi: “Năm Đinh Mùi (1427) mùa xuân tháng Giêng vua tiến quân sang bờ Bắc sông Lô (là sông Hồng đoạn từ ngã ba Bạch Hạc trở xuống) đối lũy với thành Đông Quan. Sai thiếu úy Lê Khả giữ cửa Đông, tư đồ Đinh Lễ giữ cửa Nam, thái giám Lê Chửng đem hai vệ thiết đột là Nghi Phúc giữ cửa Tây, thiếu úy Lê Triện đem quân hai vệ giữ cửa Bắc vây đánh thành Đông Quan. Vòng ngoài có các đạo quân ở Cảo Động (Xuân Đỉnh, Từ Liêm) bãi Sa Đôi (Mễ Trì, Từ Liêm). Tây phù liệt (Thanh Trì) cùng phối hợp với đại quân ở dinh Bồ Đề, sẵn sàng tiếp ứng với nhau, đây là thế trận bao vây liên kết chặt chẽ nhiều tầng”.
Bấy giờ vua Lê Lợi dựng lầu nhiều tầng ở dinh Bồ Đề (khi ấy có hai cây Bồ Đề ở trong dinh nên gọi là dinh Bồ Đề) cao bằng tháp Báo Thiên (80m) trong thành Đông Quan. Hàng ngày vua ngự trên lầu cao nhìn vào thành để quan sát mọi hành động của giặc, cho quân sư Nguyễn Trãi ngồi ở lầu hai nhận lệnh thảo soạn thư từ qua lại.
Sử sách còn ghi: Sau trận Tốt Động, Ninh Kiều ngày 7 tháng 10 năm Bính Ngọ (1426), quân giặc đại bại, tướng Minh là Vương Thông thoát chết chạy về cố thủ ở thành Đông Quan, khi đó trong thành còn 10 vạn quân... Bị quân ta thắt chặt vòng vây, người ngựa lọt ra ngoài thành do thám, lấy cỏ, củi đều bị quân ta bắt. Vương Thông sợ hãi cho tên hàng quan là Nguyễn Nhậm mang thư sang dinh Bồ Đề gửi Lê Lợi, dùng những lời lẽ dối trá để hòa hoãn tình thế, chờ quân cứu viện. Lê Lợi sai các tướng bao vây chặt thành Đông Quan và các thành còn lại của giặc Minh. Chủ trương của Lê Lợi - Nguyễn Trãi là siết chặt vòng vây mà dụ hàng. Nguyễn Trãi là người đề ra và trực tiếp chỉ đạo cuộc đấu tranh trên mặt trận này.
Từ dinh Bồ Đề, Nguyễn Trãi nhiều lần gửi thư cho Vương Thông, nêu rõ: “Nay sức hết, kế cùng, quân sĩ nhọc mệt, trong thiếu lương thực, ngoài không viện binh, bám hờ khu nhỏ mọn, nghỉ tạm thành chơ vơ, há chẳng phải là thịt trên thớt, cá nằm trong nồi đó sao?. Thế mà còn lừa dối dân ta, dụ điều phi nghĩa. Kìa, những kẻ trung thần nghĩa sĩ, dầu thời cùng, vận ách, nếm mật nằm gai, cũng chẳng chịu mưu đồ kia khác, lẽ nào ngày nay lại chịu, tin nghe lời bất nghĩa của bọn các ông”.
Bị vây hãm nhưng chỉ khi quân cứu viện bị đánh tan tác thì Vương Thông mới chịu mở cửa thành ra hàng. Trong thời gian ở chùa Bồ Đề, Lê Lợi đã ban hành nhiều sắc lệnh để phục hồi sản xuất nông nghiệp, thủ công nghiệp, an ninh trong xã hội... Đặc biệt, chính tại Bồ Đề, Lê Lợi đã mở khoa thi đầu tiên của triều Lê. Đề thi đặt ra cho các sĩ tử là: “Bảng văn Dụ thành Đông Quan”. Kỳ thi ấy, người đỗ đầu là Đào Công Soạn, người xã Thiện Phiến (Tiên Lữ, Hưng Yên).
Ngày nay, chùa Bồ Đề được biết đến không chỉ là một di tích lịch sử nổi tiếng mà còn là địa chỉ từ thiện cưu mang nhiều trẻ em gặp cảnh ngộ bất hạnh...
