Theo truyền thuyết thì xưa kia chùa Nôm được xây giữa rừng thông cổ thụ. Phải chăng sự linh thiêng của ngôi chùa, cũng như của đạo Phật, cộng với sự tốt tươi của ngàn thông trên mảnh đất này, mà có tên “Linh thông cổ tự”.
Tiếng ve râm ran giữa ngày hè oi ả như bản hoà tấu của thiên nhiên trong khu vườn chùa xanh đậm bóng cây cổ thụ.
Chùa Nôm, tên tự là “Linh thông cổ tự” ngự ở làng Nôm, xã Đại Đồng (huyện Văn Lâm, tỉnh Hưng Yên) thuộc thiền phái Lâm Tế. Chùa trước đây là ngôi đại tự hoành tráng thuộc miền Kinh Bắc, nay là Hưng Yên.
Chùa nằm trong một quần thể di tích lịch sử gắn liền với quá trình thành lập làng Nôm. Đó là đình Tam Giang thờ vị tướng thời Hai Bà Trưng. Đó là cây cầu đá gồm 9 nhịp đầu rồng đã mấy trăm năm nay soi bóng xuống dòng sông Nguyệt Đức, nâng bước chân thiện nam tín nữ đến với chùa.
Đó là làng nghề đúc đồng truyền thống nên trước cổng chùa từ xưa đã trở thành nơi họp chợ mua bán các nguyên liệu phục vụ làng nghề. Người dân ở đây vẫn lưu truyền câu ca: “Đồng nát thì về cầu Nôm. Con gái nỏ mồm về ở với cha”.
Chùa Nôm được xây dựng từ bao giờ không ai còn nhớ. Hiện nay chùa còn bảo tồn được hai tấm bia lớn đặt sau hậu cung ghi lại những tư liệu vô cùng quý báu: Thời Hậu Lê, đời Chính Hoà, năm Canh Thân (1680) sau khi lên ngôi, nhà vua đã cho xây dựng lại chùa này.
Tiếp theo vào các năm Nhâm Thân (1692), Giáp Tuất (1694), Đinh Sửu (1697), Mậu Dần (1698), Kỷ Mão (1699) tiếp tục tu sửa lại tiền đường, Hậu cung và hành lang. Năm Chính Hoà thứ 21 (1700) chùa được sửa lại các cột trụ, tạo thêm tượng, mở rộng sân chùa. Năm Cảnh Thịnh thứ 4 (1796) chùa xây thêm gác chuông và mở rộng hai dãy hàng lang.
Thời nhà Nguyễn, đời vua Thành Thái năm thứ 11 (1899) chùa Nôm lại được trùng tu thêm một lần nữa. 100 năm sau lần trùng tu này, qua bao biến đổi thăng trầm của lịch sử cũng như sự phá huỷ của thiên nhiên bão tố, Chùa bị xuống cấp nghiêm trọng.
Tháng 9/1998, Trung ương Giáo hội Phật giáo Việt Nam bổ nhiệm đại đức Thích Đồng Huệ về trụ trì tại chùa. Từ đó đến nay, đại đức đã cùng Chính quyền, đoàn thể và nhân dân xây dựng lại ngôi chùa ngày càng khang trang, phù hợp với cảnh quan và quần thể di tích tại ngôi làng cổ.
Quần thể di tích làng Nôm cổ kính có những ngôi nhà cổ, có chợ Nôm, Cầu Nôm, đình Tam Giang và đặc biệt là Chùa Nôm – nơi bảo tồn gần như nguyên vẹn hơn 100 pho tượng cổ.
Đây chính là một quần thể di tích lịch sử văn hoá có các yếu tố cơ bản tạo thành một làng quê tiêu biểu của Việt Nam.
Ngày 12/2/1994, Bộ Văn hoá thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch) đã cấp bằng công nhận Di tích lịch sử văn hoá cho quần thể di tích này.