Theo đó, xét Tờ trình số 18/TTr-TGCP ngày 27-9-2011 của Ban Tôn giáo Chính phủ, thay mặt Thủ tướng Chính phủ, Phó Thủ tướng Nguyễn Thiện Nhân đã có ý kiến cho phép Giáo hội Phật giáo Việt Nam được thí điểm đào tạo thạc sĩ chuyên ngành Phật học tại Học viện Phật giáo Việt Nam tại TP.HCM bắt đầu từ năm 2012.
Ý kiến chỉ đạo trên được Phó Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Kiều Đình Thụ truyền đạt đến Ban Tôn giáo Chính phủ cuối năm 2011 vừa qua. Việc thí điểm này diễn ra 5 năm và sau đó sẽ được rút kinh nghiệm để Thủ tướng Chính phủ có chủ trương chính thức.
Phó Thủ tướng Nguyễn Thiện Nhân giao Ban Tôn giáo Chính phủ thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước và chủ trì, phối hợp với Bộ Giáo dục và Đào tạo, Giáo hội Phật giáo Việt Nam và các bộ, ngành và Ủy ban Nhân dân TP.HCM bảo đảm việc thí điểm đào tạo thạc sĩ của Học viện Phật giáo Việt Nam tại TP.HCM theo đúng quy định hiện hành, trong đó có việc xây dựng quy chế đào tạo, chương trình, nội dung, điều kiện đảm bảo....và việc này phải thực hiện xong trước khi chiêu sinh.
Tuy nhiên, văn bản cũng cho biết, bằng tốt nghiệp thạc sĩ Phật học chỉ có giá trị trong hệ thống Phật giáo Việt Nam.
Học viện Phật giáo Việt Nam tại TP.HCM là một trong bốn cơ sở giáo dục đại học và nghiên cứu khoa học của Phật giáo, do Giáo hội Phật giáo Việt Nam thành lập theo Quyết định số 160/QĐ-UB ngày 17-10-1983 của UBND TP.HCM. Ttrường có gần 100 giảng viên cơ hữu, thỉnh giảng có trình độ thạc sĩ, tiến sĩ đang tham gia công tác giảng dạy và nghiên cứu.