Ngôi chùa ban đầu chỉ là một am tranh được Tổ khai sơn dựng lên để làm chỗ tu hành, gần một nhánh nhỏ của sông Sài Gòn

Chùa có tên gọi Huê Nghiêm xuất phát từ việc lấy tên bộ kinh Hoa nghiêm đặt cho tên chùa

Tổ Thiệt Thoại có các đệ tử như: Tế Giác Quảng Châu, Tế Lý Quảng Đức, Tế Vĩnh Quảng Nhơn… là những thiền sư nổi tiếng trong vùng, có công đem Phật pháp hoằng hóa trong dân chúng, là bậc long tượng thiền môn

Sau khi Tổ Thiệt Thoại viên tịch, Tổ Tế Lý kế thế trụ trì chùa Huê Nghiêm

Trải qua các đời trụ trì, ngôi cổ tự Huê Nghiêm được trùng tu nhiều lần

Những lần trùng tu sau này vào các năm 1960, 1969, 1990, 2003

Do Tổ Thiện Bửu, Tổ Trí Đức, Hòa thượng Trí Quảng, Hòa thượng Trí Độ vận động

Hiện nay chùa còn khu vườn tháp với các ngôi tháp cổ của chư Tổ: Thiệt Thoại, Tế Lý, Liễu Xuân, Huệ Lưu, Thiện Bửu, Trí Đức và tháp của các ngài kế tự, Tăng chúng