Ngài tọa thiền, tập định và viết sách ở Yên Tử vỏn vẹn 12 năm lại đã khai mở tâm linh, làm nên sức mạnh cho dân tộc Việt từ lúc Ngài còn ở ngôi báu, lãnh đạo dân ta đánh thắng giặc Nguyên, thể hiện chói sáng tinh thần nhập thế, giáo dân, thân dân, chăn dân, cùng hòa lẫn trong dân, tu nhân hành đạo. Đây chính là điểm cốt lõi trong triết thuyết "Phật tức Tâm" của Trần Nhân Tông. Trước năm Giáp Thân (1284) là quãng thời gian hòa bình kiến quốc, Ngài hành đạo với phương châm "Tam giáo đồng nguyên" để đem lại quốc thái dân an, nước nhà cường thịnh. Lúc này, cái tinh hoa của Nho giáo về Tu - Tề - Bình - Trị đã tôi đúc cho tâm của Ngài đạt đến độ chí nhân, chí thánh. Cái vi huyền trong Lão giáo, vi diệu trong Phật giáo về con người tâm lý, lấy giải thoát làm lý tưởng tối cao giác ngộ đã khiến Ngài và các đại thần, vương công quý tộc có đời sống tâm linh khoáng đạt, ôn hòa nên triều đình là một khối đoàn kết thống nhất. Trên bình diện xã hội, dân chúng theo triết thuyết của Ngài lấy Nhân - Nghĩa - Trí - Lễ - Tín điều hòa các mối quan hệ; lấy hạnh tinh tấn để giác ngộ tâm linh; lấy phép ứng xử Lục hòa làm phương châm hành động. Vậy nên nửa cuối thế kỷ XIII, dưới ảnh hưởng của triết thuyết Trần Nhân Tông, xã hội Việt Nam thanh bình an lạc, kinh tế phát triển là cơ hội tích lũy nhân tài, vật lực, chuẩn bị chống giặc…
Những bài học thực tế vừa nêu đã thôi thúc vua Trần Nhân Tông sau chiến thắng Mậu Tý (1288), đến năm Quý Tỵ (1293) bàn giao ngôi báu cho Trần Anh Tông, rồi sau đó (1294) lên núi Yên Tử tu hành, viết sách để hệ thống hóa triết thuyết của mình, khai sáng Thiền phái Trúc Lâm. 700 năm đã qua đi, nhưng dãy núi Yên Tử mãi mãi là đất địa linh bởi trong đó có hồn thiêng của Trúc Lâm Tam Tổ và triết thuyết Trần Nhân Tông bao trùm tỏa sáng lên từng mô đất, ngọn cỏ, cành cây, khe suối. Các thế hệ Việt Nam hành hương lên Yên Tử không chỉ để chiêm ngưỡng cảnh đẹp núi sông, mà còn để hồn mình khai mở theo triết thuyết Trần Nhân Tông, tìm thấy sự an bình, siêu thoát trong giáo lý đạo hạnh của Trúc Lâm Tam Tổ.