Theo truyền thuyết, sau một trận mưa rào dữ dội với hàng ngàn tia chớp và sấm sét kinh hoàng, bầu trời cao xanh yên tĩnh trở lại, Tổ sư Tâm Thông đi ngắm cảnh núi Phượng Hoàng, phát hiện thấy trên sườn núi phía Nam một phiến đá nhô lên hình dáng như ông Bụt, dựng cao như một pho tượng toàn thân của nhà sư: mặt hướng về phương Tây, hai tay chắp trước ngực như đang cầu nguyện cho muôn dân Đại Việt muôn thuở thanh bình.
Tổ sư quyết định xây dựng ở địa lợi này một ngôi chùa trang nghiêm. Theo sử sách, Tổ sư chùa Bụt Mọc tên thật là Nguyễn Tâm Thông, pháp danh Như Thích, người thôn Phú Mẫn, xã Nội Trà (nay là xã Hoàn Sơn, huyện Yên Phong, Bắc Ninh). Sư tổ sinh vào năm Kỷ Hợi niên hiệu Vĩnh Thọ 2 (1695) trong một gia đình giàu có. Năm 58 tuổi, Ngài mới phát tâm quy y nhà Phật. Ban đầu, Ngài tu ở chùa Châm Hộ (Quảng Ninh), thời gian sau Ngài về quê, xuất tiền của xây chùa tu, nhưng chưa hiểu được lẽ sâu xa của đạo Phật. Nghe tin Thiền sư Chân Như thuộc phái Trúc Lâm Yên Tử nổi tiếng đương thời, Tổ sư Tâm Thông đã trèo rừng vượt suối tìm đến gặp, được Thiền sư mến mộ cho là người có tâm với đạo. Năm Bính Dần (1716), Ngài trở về Kinh Bắc và đi khắp núi sông Đại Việt tìm thế đất tốt dựng chùa. Ngài thấy không nơi nào phong cảnh lại ngoạn mục, kỳ thú như ở đây. Ngài thấy đây là thế đất lớn của 4 con vật quý: Long, Ly, Quy, Phượng. Trên dải núi rồng, vương triều Lý đã cho xây dựng chùa Đại Lãm Thần Quang Tự… Chùa Bụt Mọc Năm Canh Tý (1720) thời Hậu Lê, Ngài đi vận động tiền của thập phương về xây chùa với quy mô đồ sộ 100 gian. Chùa kiến trúc theo kiểu chữ Tam, 3 tầng lầu nối tiếp nhau gồm: thượng điện, trung điện và hạ điện. Trong chùa có nhiều tượng đẹp, nổi tiếng nhất là tượng Thích Ca Mâu Ni bằng đồng đỏ, tượng Tuyết sơn cùng tượng Hộ pháp giả đồng đen cao gần 2m. Chùa có tên chữ Bảo Quang Tự vì chùa nằm ở sườn núi quang đãng tràn đầy ánh sáng, nhưng dân gian vẫn gọi là chùa Bụt Mọc. Để chấn hưng Thiền phái Trúc Lâm, dòng Phật giáo Việt Nam do Đức vua Trần Nhân Tông, Tổ sư Huyền Quang và Tổ sư Pháp Loa sáng lập, Tổ sư Tâm Thông bỏ ra 118 quan tiền mua 3ha đất quanh chùa để lập thiền viện, đào tạo Tăng Ni, dạy Phật pháp cho bá tánh. Phật tử học xong tỏa đi khắp bốn phương truyền đạo. Ngày 1-6-Quý Mùi (1723), Tổ sư Thích Tâm Thông viên tịch, hưởng thọ 66 tuổi. Trước lúc ra đi, Tổ sư dặn dò đệ tử: Người từ thiền viện ra đi khi họ qua đời dù bất cứ ở nơi đâu, hài cốt họ đều phải đem về chùa Bảo Quang chôn cất. Chính vì thế mà chùa Bụt Mọc mới có 105 ngôi tháp cổ kính rêu phong, có thể nói là vườn tháp lớn nhất Việt Nam. Việc làm đó của Tổ sư thể hiện tính nhân văn sâu sắc, một tình yêu thương gắn bó giữa những người đồng đạo. Vườn tháp chùa Bụt Mọc - Ảnh: Quang Dũng Học trò của Tổ sư được đào tạo ở thiền viện rất đông, 8 năm sau khi Tổ sư qua đời, học trò của Tổ sư tổ chức xây tháp thờ Ngài, gọi là tháp Báo ân hay tháp Tổ. Thời thế đổi thay, chùa Bụt Mọc bị phá sạch chỉ còn trơ lại hàng tháp cổ và tấm bia ghi lại sự tích chùa Bụt Mọc. Thời kinh tế thị trường, nhiều kẻ hám tiền, muốn làm giàu bất chính đã đập phá hàng chục ngôi tháp cổ để tìm cổ vật. Hài cốt các thiền sư bị vất bỏ tứ tung. Dân gian truyền rằng: Những kẻ mạt vận đó đã bị quả báo nhãn tiền: có người bị ốm đau, tàn phế, có kẻ thì con cháu dị dạng, hư đốn… Đau lòng trước cảnh đất Phật bị tàn phá tan hoang, Hòa thượng Thích Thanh Dũng đã cho đệ tử tới cùng dân địa phương xây dựng lại chùa, hài cốt các nhà sư được tôn trí lại trong các hàng tháp sau khi trùng tu. Tăng Ni, Phật tử, các nhà doanh nghiệp ở khắp nơi: Bắc Ninh, Hà Nội, Hải Phòng, Quảng Ninh… đã tới chùa công đức, đặc biệt bà Nguyễn Thị Nam, quê ở làng Sơn Đông, xã Nam Sơn, nơi phát tích chùa Bụt Mọc, sau nhiều năm lăn lộn chốn kinh kỳ, lúc đứng tuổi trở lại cố hương, công đức 36 triệu đồng để xây dựng lại chùa. Năm 1998, chùa Bụt Mọc, nhà Tổ, nhà khách, lầu chuông với tòa ngang dãy dọc, gồm hàng chục gian đã xây dựng trên nền xưa đất cũ với kinh phí gần chục tỷ đồng, trở nên một ngôi phạm vũ uy nghiêm, mỗi năm thu hút hàng vạn du khách trong và ngoài nước hành hương về chốn Tổ.
Chùa Bụt Mọc trở thành điểm hẹn của khách du lịch cuối tuần: những ngày Chủ nhật đẹp trời, du khách người Nhật Bản, người Pháp ở Nhà máy kính nổi đầu tiên ở Việt Nam, Nhà máy khí công nghiệp Bắc Việt Nam, người Úc, Hà Lan, Anh… công nhân Nhà máy Nhiệt điện Phả Lại từ Lục Đầu Giang, từng đoàn đến chùa Bụt Mọc tham quan lễ Phật dâng hương.