Chùa Pháp Vân còn có tên gọi khác là chùa Nành tương truyền được xây dựng từ thời Lý. Chùa Pháp Vân còn được người dân trong làng gọi bằng cái tên dân dã là chùa Cả vì đây là chùa lớn nhất trong cụm các chùa trong làng. Làng có ba chùa là: chùa Cả (hay chùa Nành, tên chữ là Pháp Vân tự), chùa Khánh Ninh dựng năm 1664, chùa Đại Bi dựng năm 1673. Quy mô của chùa khá lớn, bao gồm: thủy đình, tam quan, tiền đường, cầu, tam bảo, tả vu, hữu vu, nhà Tổ, điện Mẫu và khu phụ.
Chùa Pháp Vân là một trong bốn chùa lớn ở nước ta: chùa Dâu, chùa Keo, Chùa Đậu và chùa Pháp Vân. Chùa được xây theo lối chữ “Công” gồm 100 gian, trước mặt có sân rộng trải dài tới sát tam quan rất bề thế. Đối diện có tòa thủy đình để diễn rối nước trên một ao nhỏ.
Chùa Pháp Vân còn là 1 trong 4 ngôi chùa được dựng để thờ trong hệ thống tứ pháp Việt Nam là: Pháp Vân, Pháp Vũ, Pháp Lôi, Pháp Điện (ngày xưa ông cha ta trồng lúa nước, các yếu tố: mây mưa, sấm chớp này rất quan trọng, để tỏ lòng tôn kính đã dựng chùa để thờ).
Nằm trên thế đất “Rồng cuốn hổ chầu”, tổng thể kiến trúc chùa được trải dài với toà tiền đường 7 gian 2 dĩ, thiêu hương 6 gian và 3 gian thượng điện. Nhà giải vũ hai bên nối liền từ tiền đường xuống Điện mẫu. Nổi bật nhất trong tổng thể kiến trúc là toà thuỷ đình (cũng gọi là phương đình) được đặt trên hồ nước. Toà thủy đình với 2 tầng 8 mái. Tương truyền, nhà thuỷ đình do bà Chiêu nghi Nguyễn Thị Huyền, vợ vua Lê Cảnh Hưng xây dựng vào thế kỷ 18 làm nơi múa rối nước trong những ngày hội làng. Tiếp đó là cổng ngũ môn xây 2 tầng kiểu vòm cuốn bằng chất liệu đá xanh.
Toà tiền đường được xây theo kiểu độc đáo, hiếm thấy ở các ngôi chùa thuộc vùng đồng bằng châu thổ sông Hồng. Sát hai bên hồi người ta đã xây nổi lên 2 góc mái nhỏ, mỗi góc 4 mái, có 4 đao con cong vút toả ra 4 phía: đó là gác chuông và gác khánh. Nằm giữa 2 góc là đôi rồng chầu mặt nguyệt lớn, tạo cho tổng thể kiến trúc uy nghi, đường bệ mà vẫn gần gũi với đời thường. Bộ vì làm theo 1 kiểu: “thượng cốn, hạ kẻ”. Đây là một nét đặc trưng riêng của kiến trúc chùa Pháp Vân. Toà thượng điện có nền cao hơn (90cm - 1m) so với các kiến trúc xung quanh.
Chùa Pháp Vân có tổng số 116 tượng, gồm tượng Phật, tượng Mẫu, tượng Hậu được tạo tác tỉ mỉ. Nhiều tượng mang niên đại nghệ thuật cuối thế kỷ 17, tiếp đến là những tượng của thế kỷ 18 và tượng của thế kỷ 19. Ở hành lang của chùa còn có các vị tổ Truyền đăng (tức những vị tổ đem ánh sáng của Phật nối nhau truyền đạo cho đời) mà người Việt thường gọi là Thập Bát La Hán. Đáng lưu ý là hình tượng 1 vị Tổ được tạc trên hòn đá tự nhiên. Đây là một hiện tượng rất riêng biệt ở chùa Pháp Vân mang đầy chất nghệ thuật truyền thống của người Việt. Hệ thống di vật trong chùa cũng vô cùng phong phú về thể loại và chất liệu như bia đá, chuông đồng, khánh đồng, thần phả, sắc phong cổ và quý qua các triều đại Mạc - Lê - Tây Sơn - Nguyễn.
Đáng lưu ý là quả chuông “Pháp Vân tự hồng chung” niên hiệu Thịnh Đức 1 (1653). Chuông mang phong cách thời Mạc ở thế kỷ 17 với nghệ thuật điêu khắc đặc biệt: quai chuông đúc hình lưỡng long chạy ra đuôi rồng chầu vào nhau, đầu rồng bò xuống thân chuông. Chuông đúc núm, mỗi núm trang trí các hình hoa cúc, viền chuông trang trí cánh sen cách điệu, vai chuông thon, đáy nở. Cùng với niên đại và phong cách nghệ thuật trang trí trên thân chuông, có thể xếp đây là một trong không nhiều quả chuông cổ và quý còn lại trong các ngôi chùa ở nước ta.
Kiến trúc hiện tại có muộn song hẳn trước khi được làm lại, chùa Pháp Vân có một quy mô rất lớn. Các tài liệu, thư tịch còn khắc trên bia đá, chuông và khánh đồng cũng như hệ thống tượng pháp đều khẳng định giai đoạn huy hoàng kéo dài suốt các thế kỉ XVI - XVII - XVIII sang đầu thế kỉ XIX.
Hiện nơi đây vẫn bảo lưu được nhiều nghi thức của lễ hội dân gian truyền thống gắn với tục thờ Pháp Vân. Đó là Hội Đại hay còn gọi là hội nâng phan. Tục nâng phan là một nghi lễ chỉ có ở đất làng Nành. Cây phan tượng trưng cho khóm lúa, bó lúa được nâng lên khỏi miệng hố. Đây có lẽ là ước vọng của cư dân nông nghiệp cầu mong cho sự phồn thực, no đủ...
Chùa Pháp Vân thực sự là một di sản văn hoa quý của Thăng Long - Hà Nội và cả nước. Ngôi chùa không chỉ là một danh lam thắng cảnh nổi tiếng mà còn là nơi tụ hội nhiều công trình khoa học của các nhà nghiên cứu trong nước và quốc tế.