Chùa Trung Tôn được xây dựng cách đây hơn 900 năm. Việc xây dựng chùa Trung Tôn nằm trong ý tưởng tạo nên một cảnh Tịnh độ ở trần gian. Chùa tọa lạc trong rừng cây tuyết trùng rất thanh bình, khá xa với khu vực bị sóng thần tàn phá, tuy nhiên chùa vẫn bị hư hại một số hạng mục do trận động đất ngày 11/3/2011 gây ra. Chùa do tướng Fujiwara no Kiyohira xây dựng vào đầu thế kỷ thứ XII, sau khi ông từ bỏ công danh sự nghiệp của mình do có duyên lành được học hỏi kinh điển của đạo Phật.
Trước khi đến với đạo Phật, tướng Fujiwara no Kiyohira đã tham gia nhiều cuộc chiến tranh, đã phải chứng kiến cảnh cha mẹ, vợ con của mình bị kẻ thù giết hại. Khi đã bỏ lại sau lưng việc binh đao, ông tập trung nghiên cứu, thực hành lời Phật dạy và đã lập nên một ngôi chùa, đó là chùa Trung Tôn, để giảng dạy cho mọi người hiểu rằng, tất cả mọi sinh vật đều phải được sống bình đẳng với nhau trong tự nhiên, mọi sinh vật đều có bổn phận nuôi dưỡng và bảo vệ mạng sống của các sinh vật khác.
Việc chùa Trung Tôn và khu Hiraizumi được đưa vào danh sách di sản thế giới của UNESCO sẽ tạo điều kiện hỗ trợ cho chính quyền và người dân địa phương bảo vệ những tài sản thiên nhiên và di sản văn hóa giá trị nhất của họ tốt hơn, và điều này cũng thúc đẩy sự hợp tác quốc tế trong việc bảo tồn di sản, nâng tổng số khu vực Di sản Thế giới ở Nhật Bản lên con số 16.